Institut Agama Islam Syarifuddin (IAIS) awalnya adalah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Syarifuddin (STITS). Perubahan ini berdasarkan SK Departemen Agama RI No. Dj. II/07/2005 tentang persetujuan pendirian STIT Syarifuddin dan ijin penyelenggaraan program studi Pendidikan Agama Islam tertanggal 18 Februari 2005.
Namun, seiring dengan perkembangan yang semakin cepat membuat STITS berubah menjadi STAIS Pada tanggal 26 April 2010 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : Dj.I/200/2010, dengan membuka dua jurusan yaitu Jurusan Tarbiyah program studi PAI dan Jurusan Syari’ah dengan program studi Ekonomi Syari’ah.
STAI Syarifuddin Wonorejo Lumajang merupakan satu-satunya lembaga pendidikan tinggi Islam swasta di Kabupaten Lumajang yang berciri khas kultur dan tradisi Pesantren sesuai dengan tuntunan agama Islam Ahlussunnah wal-jama’ah dan nilai-nilai luhur bangsa Indonesia.
Oleh karena itu, ke depan STAI Syarifuddin Lumajang harus selalu intens mengembangkan dan merealisasi program-program strategis, sedikitnya karena dua alasan. Pertama, karena keberadaannya, STAI Syarifuddin Lumajang harus selalu berkompetisi dengan sejumlah perguruan tinggi swasta di Lumajang, dengan cara lebih mengedepankan peningkatan mutu atau kualitas.
Kedua, pengembangan STAI Syarifuddin Lumajang merupakan amanah para pendiri yang harus diwujudkan oleh semua warga civitas akademika, khususnya pimpinan STAI Syarifuddin Lumajang. Lebih dari itu, karena secara geografis IAI Syarifuddin Lumajang bisa disebut sebagai “pusat pengembangan Islam dari pintu Timur”.